En la Unidad de Microscopía se realizan servicios encaminados a resolver problemas del sector industrial, farmacéutico, alimenticio, automotriz, entre otros.
Se cuenta con equipos que permiten la observación de la superficie de objetos de naturaleza diversa como metales, plástico, vidrio, fibras, cerámicas, textiles, tejidos animales y vegetales, bacterias, insectos, que no pueden ser percibidas a simple vista.
Uno de los equipos más relevantes con los que cuenta la unidad es el microscopio electrónico de barrido, pero también se cuenta con los microscopios ópticos de alta calidad (luz polarizada, digital decampo amplio con lector de microplacas, invertido, microdisector láser, estereoscopio, óptico de uso común).